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一跑步就肚子疼的原因可分为非病理性因素和病理性因素，具体情况解释如下。
一、非病理性因素
运动前准备活动不充分、运动前吃得太饱或饮水过多，都可以引起一过性的腹痛，而对身体健康没有实质性影响。
二、病理因素
1、肾结石：运动会帮助结石排出，在排出过程中划伤尿道，出现疼痛。建议平时多饮水，做一些跳跃运动帮助结石排出。口服排石颗粒，保守治疗效果不佳者，选择体外碎石、或手术治疗。
2、胆石症：进食油腻饮食后，胆道系统向肠道中排出胆汁，因此负担加重，常可诱发胆道系统疾病。胆石症治疗以手术切除胆囊治疗为主。手术治疗不但疗效确定，而且还会避免因胆石症引起的胆道系统恶性肿瘤、胆道梗阻等不良后果。
3、胰腺炎：由于很多人的胆道与胰管共用位于肠道的出口，胆道疾病一旦引起出口的梗阻，还可能诱发胰腺炎。主要抑制胰腺分泌及胰酶活性，而控制病情。生长抑素及奥曲肽可抑制胰腺分泌消化液，加贝酯和抑肽酶可抑制胰蛋白酶的活性。如病情严重，还需要手术治疗。避免养成不良的饮食习惯，包括三餐不规律；暴饮暴食；进食辛辣饮食，如各种口味浓重的食物；进食大量刺激性食物，如浓茶、浓咖啡、酒。
上述饮食习惯不但是诸多消化系统疾病的病因，也是主要诱因。尽量减少油炸、腌渍、深加工食物，如炸鸡、咸菜、薯片的摄入。
